Sejak dirintis oleh Andre Gurutta KH. Junaid Sulaiman bersama Andre Gurutta Drs. KH. Khuzaifah pada Tahun 1969, Pesantren Ma’had Hadits Biru yang kini disebut Pesantren Modern Al-Junaidiyah Biru, pada mulanya membina Tahfidzul Qur’an atau penghafal Al-Quran dan pengajian kitab kuning. Lalu kemudian pada Tahun 1973 mendapat ijin mendirikan sekolah formal Tingkat Tsanawiyah (setingkat SMP) dan Tingkat Aliyah (setingkat SMA).
Seiring peningkatan dan perkembangan yang terus meningkat, Pesantren Al-Junaidiyah Biru juga membuka Raudhatul Athfal (setingkat Taman Kanak-Kanak) pada Tahun 1982, diikuti pelembagaan secara mandiri Madrasah Tswanawiyah pada Tahun 1986 dan disusul Madrasah Aliyah pada Tahun 1987. Sebagai pesantren tertua yang ada di Kab. Bone, Pemerintah melalui Kementerian Agama (Kemenag) Republik Indonesia pada Tahun 2018, mempercayakan pendirian Pendidikan Diniyah Formal (PDF) di lingkungan Pesantren Al-Junaidiyah Biru. Selain Al-Junaidiyah, tiga pesantren tertua di Sulsel lainnya juga mendapat kepercayaan mendirikan PDF yaitu PP Nahdatul Ulum di Maros, PP DDI Mangkoso di Barru dan PP As’adiyah di Sengkang.
PDF Al-Junaidiyah Biru pertamakali dirintis oleh Dr. K.M.Muslihin Sultan, M.Ag, salah satu alumni Pesantren Al-Junaidiyah, yang juga sebagai Kepala PDF Ulya Tahun 2018-2021 (sekarang Wakil Pimpinan Pondok Pesantren Al-Junaidiyah). Dalam keterangannya disampaikan bahwa PDF adalah sebuah lembaga pendidikan formal khusus yang langsung di SK kan oleh Dirjen Kemenag RI dan berbeda dengan madrasah formal lainnya.
“PDF dikatakan khusus dan berbeda, karena Kemenag ingin mengembalikan tradisi pesantren yang kental dengan penguasaan kitab kuning klasik seperti Fathul Qorib, Fathul Mu’in, Tafsir Jalalain maupun Tafsir Al-Maraghi, bagi output atau keluaran santrinya. Namun tidak berarti pelajaran umum tidak diberikan pada santri, santri PDF juga tetap belajar Matematika, IPA, IPS, Kewarganegaraan hingga Kesenian, namun porsinya tidak sepadat pada kurikulum pendidikan agama seperti Nahwu, Sharaf, penguasaan Bhs. Arab dan Inggris dengan aktif dan lain sebagainya”, terang K.M. Muslihin Sultan.
PDF yang langsung ditangani dan dikontrol oleh Dirjen Kemenag RI, membuat pihak Kemenag sangat hati-hati dalam menentukan lokasi pendiriannya. “Syaratnya cukup ketat, diantaranya harus di pesantren dan tertua, memiliki masjid, asrama dan memiliki guru serta pembina khusus yang mampu mengajarkan kitab kuning. Hal ini lagi-lagi untuk menjamin keluaran santri PDF yang nantinya betul-betul memiliki penguasaan pengetahuan agama yang baik diikuti dengan kecintaan pada Bangsa dan Negara”, ucap K.M. Muslihin Sultan.
Dalam perjalanannya sejak Tahun 2018, PDF tingkat Ulya yang pertama kali didirikan di Pesantren Al-Junaidiyah Biru, telah berhasil meluluskan beberapa santri dan seluruh alumni melanjutkan kuliah pada perguruan tinggi ternama baik di dalam maupun di luar negeri. Angkatan berikutnya di Tahun 2022 ini, PDF Ulya yang dikepalai oleh Andi Ridwan, LC., MA, targetkan pencapaian yang lebih baik lagi dari tahun sebelumnnya.
Juga pada Tahun 2021 lalu, Pesantren Al-Junaidiyah juga dipercaya untuk mendirikan PDF Tingkat Wustha (setingkat MTs/SMP). Dengan misi yang sama di Tingkat Ulya, Kepala PDF Wustha, K.M.Ismail, SS., M.Pd, optimis akan mampu mengembangkan kemampuan baca tulis kitab kuning santri dengan baik, termasuk penguasaan Bhs. Arab dan Inggris secara aktif.
Tahun Ajaran Baru 2022/2023, PDF Wustha membuka penerimaan santri bagi lulusan SD/MI, begitupula PDF Ulya bagi lulusan SMP/MTs. Pendaftaran bisa dilakukan secara online di website https://www.junaidiyah.com atau https://pdf-aljunaidiyah.com